種業是花鱸全產業鏈的“壓艙石”，是廣東省發展現代化海洋牧場的原動力。目前，雖然花鱸養殖面積和產量逐年增加，但花鱸育種工作依賴傳統育種技術，育種進程緩慢，尚無符合現代化海洋牧場產業化需求，具有速生、抗風浪、低餌料系數等經濟性狀優良品種見諸報端；此外，廣東省乃至全國野生花鱸基因資源污染嚴重，繁殖所用的南北方花鱸種群混雜，質量參差不齊。花鱸種質質量退化嚴重，導致生長速度減慢、抗病能力降低、病害頻發，種質問題已經成為廣東省現代化海洋牧場花鱸種業的空前挑戰，全面開展基因芯片等高效的現代分子育種技術研究，將有助于加速花鱸育種進程，助力現代化海洋牧場建設。
為解決產業面臨的“卡脖子”問題，創建花鱸精準高效育種技術體系，中國水產科學研究院南海水產研究所院級花鱸基因資源評價與遺傳育種創新團隊基于前期自行構建的高質量基因組數據，結合GenoBaits?技術體系，研發了具有自主知識產權的首個花鱸40K液相育種芯片“海鱸1號”。這是一款應用于篩選、創制具有速生、抗逆、抗病、抗風浪等經濟性狀，且滿足深遠海養殖、陸基池塘、工廠化循環水等多種生產需要的花鱸新品種/系所特制的種業芯片，能夠實現快速、精準、高效的分子育種，助力花鱸種業創新發展。
“海鱸1號”液相芯片共計包括279個GWAS分析性狀關聯標記，以及41705個基于遺傳連鎖關系挑選的基因組均勻分布的背景位點，其平均檢出率高達99.25%~99.71%，分型一致性高達98.64%，平均覆蓋度為99.21%，平均位點缺失率為0.55%。該芯片具有基因組上均勻分布、多態性高等特點，可以實現高效的群體劃分、親權關系鑒定、分子標記輔助選育、全基因組選擇等諸多功能，且基因分型+全基因組關聯分析（GWAS）周期僅需2周左右，在基因組選擇育種中展現出廣闊應用前景。
圖 1“海鱸1號”花鱸40K液相芯片
圖 2 SNP在染色體上的分布
圖 3 SNP標記MAF分布統計
圖 4 Gap分布情況
圖 5 SNP標記在基因組中的分布
圖 6 不同家系花鱸分群效果
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