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2006年，我院黃海水產研究所專利授權量達到16項，創歷史最高水平，其中獲得授權證書10項，收到授權通知書6項。獲得授權發明的10項專利分別是：工廠化循環水養魚水處理方法、緩釋藥物防治海帶蟲害的方法、養殖大菱鲆爛鰭病防治藥物配方、柔性聯接網箱框架、雙殼貝類稚貝高密度培育裝置及培育方法、雙殼貝類育苗生產中的太陽能海水升溫控制裝置、VC速測片、海參養殖配合飼料、利用太平洋狹鱈魚肉制備蛋白寡肽粉的酶解方法、可遠程控制的升降式網箱及控制方法；收到授權通知書的6項專利分別是：連續式真空活魚起捕分級機、櫛孔扇貝與蝦夷扇貝遠緣雜交育種方法、非特異免疫激活劑的制備方法、功能食品的基料液及其制備方法、一種新型海洋溶菌酶膜及其制備方法、微顆粒飼料鹵蟲蝦片及其配制方法。

知識產權的創造、管理和保護已成為黃海水產研究所可持續發展的動力之一。