中國水產(chǎn)科學(xué)研究院鰱鱔遺傳育種創(chuàng)新團(tuán)隊在細(xì)鱗斜頜鲴種質(zhì)資源鑒定與挖掘方面取得新進(jìn)展，首次發(fā)布染色體水平的細(xì)鱗斜頜鲴參考基因組。近日，相關(guān)研究成果以《Chromosome-level genome assembly of Plagiognathops microlepis based on PacBio HiFi and Hi-C sequencing》為題，在國際期刊Scientific Data（Q1，IF=5.8）在線發(fā)表。吳怡迪助理研究員為論文第一作者，梁宏偉研究員為通訊作者。
細(xì)鱗斜頜鲴（Plagiognathhops microlepis）屬鯉科、鲴亞科，是一種中小型魚類，廣泛分布在我國的淡水生態(tài)系統(tǒng)中。其以腐殖質(zhì)、有機(jī)碎屑和藻類為食，常被用來凈化水質(zhì)和控制藍(lán)藻水華，在淡水生態(tài)系統(tǒng)中發(fā)揮著重要作用。由于具有味道鮮美、生長快、病害少等優(yōu)點(diǎn)，近年來細(xì)鱗斜頜鲴被開發(fā)為重要的養(yǎng)殖對象，有著廣闊的發(fā)展前景。然而由于基因組資源的缺乏，細(xì)鱗斜頜鲴的系統(tǒng)發(fā)育、適應(yīng)性進(jìn)化策略，以及優(yōu)良性狀形成的遺傳基礎(chǔ)研究還十分匱乏，制約了其充分利用。
用于基因組測序的細(xì)鱗斜頜鲴的形態(tài)特征
研究團(tuán)隊通過整合Pacbio CCS、Hi-C和Illumina測序技術(shù)，對細(xì)鱗斜頜鲴基因組進(jìn)行了組裝，首次獲得了一個高質(zhì)量的染色體水平細(xì)鱗斜頜鲴參考基因組。該基因組的大小為1004.34 Mb，contig N50為38.80 Mb，其中99.59%的序列被掛載到24條染色體上，并且有19條染色體中沒有g(shù)ap。該基因組注釋到578.91 Mb的重復(fù)序列，以及28337個蛋白質(zhì)編碼基因。質(zhì)量評估顯示，該基因的BUSCO評估值為97.6%，二代數(shù)據(jù)比對率達(dá)99.88%，堿基的質(zhì)量值（Qv）為48.11，并且掛載后的染色體基因組與近緣種鰱、團(tuán)頭魴展示出良好的共線性，顯示出該基因組較高的完整性、一致度和掛載準(zhǔn)確度。
細(xì)鱗斜頜鲴染色體水平基因組特征
研究團(tuán)隊基于高質(zhì)量測序數(shù)據(jù)，進(jìn)而拆分獲得了兩套大小分別為997.68Mb（Haploid A）和995.23Mb（Haploid B）單倍型基因組，以及一個大小為16.61Kb的環(huán)狀線粒體基因組。兩套單倍型基因組間顯示出良好的共線性，contig N50分別為36.21Mb和33.97Mb，掛載到的48條染色體中有24條沒有g(shù)ap。該研究成果為細(xì)鱗斜頜鲴的種質(zhì)資源鑒定評價、適應(yīng)性策略和優(yōu)良性狀的遺傳基礎(chǔ)等提供了高質(zhì)量的參考基因組，也為深入解析鯉科魚類的系統(tǒng)發(fā)育和進(jìn)化歷史提供了支撐。
細(xì)鱗斜頜鲴兩套單倍型基因組及線粒體基因組特征
該研究獲得中國水產(chǎn)科學(xué)研究院基本科研業(yè)務(wù)費(fèi)（2023TD36）、國家現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系（CARS-45）和國家淡水水產(chǎn)種質(zhì)資源庫（FGRC18537）項目的資助。研究論文全文下載地址為：https://doi.org/10.1038/s41597-024-03645-x。
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